Pagi itu di Jumat (26/9/2025), udara terasa semakin panas ketika para pembalap intermediate turun ke trek. Dengan suhu mencapai 28 derajat Celcius dan 39 di trek, sebagian besar pembalap berusaha tampil sebaik mungkin. Jake Dixon berhasil memimpin tabel dengan waktu 1:50,050, diikuti oleh Izan Guevara dan Celestino Vietti. Namun, Mario Suryo Aji mengalami kesulitan di akhir pekan di Motegi dengan posisi ke-23. Filip Salac juga tidak beruntung karena terjatuh di Tikungan 7 ketika mencoba naik ke peringkat ke-14.
Meskipun baru menjalani operasi arm pump, Tony Arbolino mampu menetapkan waktu tercepat setelah 13 menit dengan 1:49,936. Sedangkan Barry Baltus harus kembali ke pit karena komponen di bagian belakang motornya tergantung di kabel setelah melebar ke area kerikil.
Di pertengahan sesi, meskipun Dixon mengancam dengan selisih 0,04 detik, Arbolino masih kokoh di puncak tabel. Pembalap asal Jepang, Ayumu Sasaki, menunjukkan peningkatan dengan mencetak waktu terbaik 1:49,728, sementara Yuki Kunii yang biasanya berada di luar 20 besar, berhasil menjaga posisi ke-19.
Dani Holgado mengalami crash di Tikungan 10 yang sangat lambat, namun Maanuel Gonzalez berhasil mencuri posisi teratas dengan waktu 1:49,306. Di menit-menit terakhir, Arbolino berhasil merebut kembali posisi teratas dengan waktu 1:49,242. Jake Dixon akhirnya memimpin di P1 dengan waktu 1:49,067 jelang akhir sesi.
Posisi 10 besar diisi oleh Dixon, Arbolino, Manuel Gonzalez, David Alonso, Joe Roberts, Guevara, Zonta van den Goorbergh, Ayumu Sasaki, Celestino Vietti, dan Daniel Munoz. Sementara itu, Mario Aji berada di urutan ke-23 dan Kunii dua posisi di bawahnya.
