Setelah berhasil meraih posisi terdepan dalam kualifikasi di Circuit de Barcelona-Catalunya, pembalap CFMoto Aspar Team kembali menunjukkan performa impresifnya di Misano. Dengan mencatat waktu 1:34,216 di Q2, ia berhasil mengungguli rivalnya Vietti dan ManuGas. Aron Canet dan Diogo Moreira akan memulai balapan dari baris kedua, masing-masing di posisi kelima dan keenam.
Kualifikasi Moto2 di Misano dipengaruhi oleh cuaca panas dengan adanya beberapa awan, meskipun suhu sekitar 30ยบ C pada pukul 14:00. Sebanyak 16 pembalap berkompetisi dalam Q1, termasuk Aron Canet, Dani Munoz, dan Tony Arbolino. Arbolino berhasil memimpin sesi kualifikasi tersebut, diikuti oleh Ivan Ortola dan Darryn Binder.
Dengan ban baru, Arbolino berhasil mempertahankan posisi terdepan dengan waktu 1:34,530, disusul oleh Canet dan Munoz. Di belakang mereka, Ivan Ortola, Collin Veijer, dan pembalap lainnya siap bersaing di balapan selanjutnya. Di kelas Moto3, David Alonso awalnya memimpin sebelum disalip oleh Moreira sebelum pergantian ban.
Setelah pergantian ban, Dani Holgado berhasil merebut pole position dengan waktu 1:34,216, diikuti oleh Gonzalez dan Canet. Holgado berhasil mempertahankan performa positifnya di Misano setelah sebelumnya meraih kemenangan di Barcelona. Klasifikasi di Moto2 berubah-ubah dengan rivalitas yang ketat di antara para pembalap top. Sesi kualifikasi Moto2 San Marino menjanjikan balapan yang seru dan penuh tantangan.
