MotoGP 2025 telah mengalami beberapa perubahan aturan yang diperkenalkan oleh Komisi Grand Prix MotoGP dan FIM. Perubahan ini, yang disetujui dalam pertemuan di Jerez, termasuk permintaan dari Aprilia agar Jorge Martín dapat mengikuti uji coba privat sebelum kembali ke Grand Prix setelah cedera. Sebagai tanggapannya, rider yang cedera berhak mendapatkan satu hari latihan bebas sebelum kembali balapan, dengan syarat tertentu yang harus dipenuhi. Selain itu, Miguel Oliveira, yang cedera di Argentina, juga berpotensi memanfaatkan modifikasi aturan ini.
Selain itu, perubahan juga berkaitan dengan insiden Marc Marquez di grid sebelum balapan di Austin. Aturan baru diputuskan setelah kekacauan ini terjadi, dengan pembalap yang melakukan penyesuaian motor di grid akan dikenakan sanksi. Hal ini juga mempengaruhi prosedur pergantian motor di pitlane sebelum putaran pemanasan.
Aturan untuk mengganti motor di pit juga diperjelas, di mana pembalap yang ingin melakukan pergantian dari ban basah ke ban kering atau sebaliknya harus memulai dari pitlane. Di kelas MotoGP, ada pengecualian jika balapan dinyatakan basah, di mana pembalap dapat masuk pit pada akhir lap pemanasan tanpa penalti tambahan. Namun, pembalap yang memulai dari pitlane akan dikenakan double long lap penalty. Penyederhanaan aturan ini merupakan upaya untuk menyederhanakan aturan balapan dan mendorong kepatuhan pembalap terhadap tata tertib yang telah ditetapkan.
