Franco Morbidelli, rekrutan baru VR46, menjadi yang tercepat di hari kedua tes MotoGP Sepang, mengungguli Fabio Quartararo yang mengendarai motor Yamaha. Dalam sesi tersebut, Morbidelli mencatatkan waktu terbaik 1 menit 57,210 detik dan berhasil naik ke posisi teratas dalam peringkat setelah satu jam tes berjalan. Waktunya 0,3 detik lebih cepat dari Quartararo pada hari sebelumnya, dan cukup baik untuk mengamankan posisi di barisan depan untuk Grand Prix Malaysia tahun lalu.
Dalam kondisi lintasan yang semakin panjang akibat meningkatnya suhu di Malaysia, Morbidelli tetap tampil impresif hingga sore hari. Quartararo, juara MotoGP 2021, berada di urutan kedua hanya terpaut 0,1 detik, setelah sebelumnya juga mencatat waktu terbaik di pagi hari. Duo Gresini, Alex Marquez dan Fermin Aldeguer, turut mengikuti di belakang Quartararo.
Francesco Bagnaia dari tim Ducati berhasil naik ke posisi kelima dengan waktu 1 menit 57,652 detik di 30 menit terakhir, meskipun mengalami kecelakaan pada Tikungan 15. Sementara itu, Joan Mir dari tim Honda juga berhasil memperbaiki posisinya dan naik ke peringkat keenam. Pembalap utama KTM, Pedro Acosta, turun ke peringkat tujuh diikuti oleh Miguel Olivera dari Pramac Yamaha.
Pembalap baru Aprilia, Marco Bezzecchi, menempati urutan kesembilan dan menjadi pembalap terakhir yang berhasil menembus batas waktu 1:58 pada hari tersebut. Sementara itu, juara MotoGP enam kali, Marc Marquez, hanya finis di urutan ke-14 dengan selisih waktu 1,2 detik dari Morbidelli.
Jorge Martin, Raul Fernandez, dan Fabio di Giannantonio absen di hari kedua tes Sepang karena harus kembali ke Eropa untuk menjalani operasi pasca kecelakaan. Aprilia dan Ducati memanggil pembalap penguji mereka, Lorenzo Savadori dan Michele Pirro, untuk membantu mengumpulkan data yang diperlukan untuk pengembangan motor baru mereka.